Se puede hacer, pero no únicamente desde el site.xml
Miralo acá:
http://www.gaiaflashframework.com/wiki/index.php?title=Preloader#Overriding_The_Preloader_At_RuntimeBásicamente necesitás:
1. un swf que implemente IPreloader cargado como asset, preferentemente del index
2. en el momento que necesites cambiar de preloader, llamás el método Gaia.api.setPreloader con la referencia al asset.